L'idée de tolérance apparaît comme une première solution aux guerres de religions. Elle est notamment défendue par l'Anglais John Locke (1632-1704) ou le Français Voltaire (1694-1778). Tous deux aspirent à régler les questions créées par la division ouverte par la Réforme protestante au sein du christianisme d'Occident, de commencer à séparer le religieux du temporel, de mettre fin au fanatisme et à la violence, mais la tolérance vient toujours d'une autorité ou d'une position de domination. En France, la tolérance prend la figure d'un Voltaire (Traité sur la tolérance, 1763) après les affaires du chevalier de La Barre (exécuté à 21 ans en 1766 à Abbeville pour avoir refusé de saluer une procession religieuse) ou de l'affaire Calas. En Angleterre, elle est incarnée par John Locke (Lettre sur la tolérance, 1685).
Ces textes ont cependant une limite : la tolérance y concerne essentiellement la pluralité des croyances religieuses, elle ne s'étend pas à l'athéisme. Ainsi John Locke, par exemple, rejette encore les athées : « ceux qui professent l'athéisme n'ont aucun droit à la tolérance » ! Or en son temps, déjà, le débat porte sur la réhabilitation des « libres penseurs », avec, par exemple, le thème de « l'athée vertueux » chez Pierre Bayle (1647-1706).
Pendant la Révolution, Mirabeau (1749-1791) et Condorcet (1743-1794) s'érigent contre la seule tolérance : Condorcet dénonce « l'insolence du culte dominateur qui osa nommer tolérance une [simple] permission ». La notion de tolérance semble ainsi d'autant plus limitée qu'elle ne concerne qu'un débat entre religions dominantes et minoritaires, et ne respecte pas toutes les convictions. D'ailleurs Voltaire lui même, fort de son déisme, ne cachait pas son rejet des athées comme le rappelle ce qui figure sur le flanc de son tombeau au Panthéon :
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